一行人到了ウォルス、カルナック去仍然无法阻止水和火之水晶破裂，土之水晶被流砂挡着而无法进入。

    在古代图书馆里找到了Cid失纵了的孙子Mid，原来他只是看书看得太入神…看到爷孙的场面…Galuf终于记起自己不是这个世界的人，他是为了阻止自己世界的邪恶敌人Exdeath破坏这个世界的水晶。

    Ty王利用土之水晶操纵着大战舰，原来他被Exdeath操纵了，在各人危急之际Galuf的孙女Klulu赶及过来用魔法把Ty王击倒，但仍然无法阻止Exdeath把水晶破坏掉，Ty王也牺牲了…他临死前记起了Faris正是他掉入大海失纵的女儿，也就是Lenna的姐姐。

    虽然Galuf和Klulu已经回去了，但因为担心他们所以Butz也利用陨石的残余能量去到第2世界，可是自己却被敌人抓着了，为了救他们Galuf一个人冲入Exdeath的城，在逃走时在大桥和Gilgamesh纠缠，无法在赶及展开防护罩前进入而被弹到边境地区…幸好Klulu的飞龙因为带众人回城。

    Exdeath真正的身份是大森林的长老之木的的枯枝，长老之木的水晶被Exdeath操纵，Galuf为了保护孙女Klulu而牺牲了，虽然冲入Exdeath城打败了他…

    四人起来时已经回到Ty城，贤者Ghido说一千年前Enuo创造出无的魔法，虽然Enuo被无所吸食，为了封印无这魔法便把世界一分为二，Exdeath为了解除封印所以破坏水晶把两个世界重新合并。

    幸好留在古代图书馆内的封印之书解除了一千年前的武器封印，众人通过次元狭间把Exdeath打败。

    FFVI

    剧本：北濑佳范、阪口博信

    “魔大战把全部烧尽，当那战争结束时，

    ‘魔法’从世界上消失。

    就这样过了1000年…。铁、火药、蒸气机关。人们使用机械的力量，再次使世界重新。

    现在又在这里，企图以传说的‘魔法’之力和机械合体的‘魔导’之力，支配世界的野心家…。”

    两名帝国士兵带着一个被操纵、天生会使用魔法的少女到炭坑去调查一只幻兽，可是少女却和幻兽发生共呜而晕倒了。

    Lock救回了少女Tina，Tina到了反抗军基地也在为自己的事苦恼，自小便被操纵的她并不明白感情。

    要阻止帝国抢夺幻兽，一行人又再回到炭坑，Mash为了追着怪物而跳了下水被冲到Doma城附近，帝国军使用毒令Doma全城人死亡…Lock到南Figaro侦察时救了因为反对对Doma城使用毒而被毒打的女将军Celes。

    再次还上幻兽的Tina，不止产生共呜，并且变成幻兽的样子飞走了。

    在Zozo镇找到Tina和雷公Ramuh，可是Tina还未能醒过来，Ramuh说帝国把幻兽捉了并抽取魔法能量使用，为了令Tina醒回来，一行人到帝国去寻找幻兽，幻兽们自愿变成魔石协助我方，原来其中一只（位）幻兽是Tina的父亲Maduin，他和人类的女子相恋，生下了Tina，可是自己和Tina不幸被皇帝捉掉，而妻子也被皇帝杀了。

    解除魔兽界的魔封壁封印，一众幻兽破坏帝国，皇帝便假意和解，原来只是利用Tina等人找到三斗神的石像所在。

    三斗神的强大魔力令大陆浮起来，可是皇帝最终也被部下Cefca杀掉，吸收了三斗神力量而暴走的Cefca把世界破坏。

    Celes醒来后便身处一个孤岛，幸得Cid的照顾（剧情一Cid死了Celes自杀死不了，看到Cid的信找到木伐，剧情二Cid回复并告诉Celes木伐），Celes四处寻找失败的同伴。

    Tina为了照顾被破坏的小村里的小孩而不想跟Celes们走，可是怪物来袭令，她变成幻兽的样子吓怕了小孩，幸好最后小孩还是认出她是照顾大家的妈妈，为了小孩们，Tina最后还是决定跟大家共同作战，打倒暴走的Cefca。

    神罗公司发展魔晃吸收星球的能量作为人民生活的能量，Barret组织Avanche反抗神罗，为了引爆魔晃炉而出钱请Cloud帮忙，Cloud青梅竹马的好友Tifa也以昔日的约定而再请求Cloud的帮忙，但Cloud却因为爆炸的冲力而从高处掉下，幸好落在Aerith在教堂种植的花圃上而没有事。

    神罗对付Avanche不惜牺牲市民把7街的支柱破坏，阻止的Avanche成员和无辜的市民成牺牲品。

    Aerith是古代种Cetra的后代而被神罗捉拿，一众人往神罗大楼救她，神罗的目的是要Cetra找出约定之地所在，因为他们认为那里有魔晃的资源。

    Cloud忆述以前是神罗士兵，曾经回去自己和Tifa的故乡Nibelheim，当时他和Sepiroth是战友，在Nibelheim调查关于来自太空的生物Jenova，Sephiroth知道自己的身体有Jenova的细胞后狂性大发，在村中放火杀人，认定Jenova才是自己的母亲，接下来Cloud便不记得Sephiroth是如何停下来。

    回到Nibelheim，村中竟然回复来未放火之前的样貌，而且村民也怪怪的，不记得Cloud和Tifa，众人到神罗大屋去调查，找到沉睡在棺木的男子Vi，原来他以前是神罗调查人员Turks，原来Sephiroth真正的亲生母亲是当时负责Jenova计划的Gast博士的助手Lucrecia，他因为无法阻止这实险而内疚。

    Sephiroth的目的是利用古代流传下来召唤巨大陨石的黑色Materia，令星球产生很大的损伤，星球便会把回复的能量集中在缺口，他把能量吸收再次和Jenova融合（Reunion，Jenova有把分裂细胞重新组合的能力），成为神的存在。

    Aerith为了阻止Sephiroth而到古代种的祭坛去，这时Cloud竟神智不清想杀掉Aerith，虽然被Vi阻止了，可是Sephiroth却飞过来把Aerith杀掉了。

    众人找到以前曾经是古代种Cetra Ifalna的故居，在那里找到了Gast和Ifalna的录影带，原来Jenova以前为了阻碍星球自我治疗，化身成人们亲近的人的样子（Jenova的变身能力），籍此传播病毒，令很多Cetra变成怪物、死去，星球当时为了封印Jenova而产生了神兵（on），而Aerith则是Gast和Ifalna的女儿，Gast因为爱上了Ifalna而背叛了神罗，夫妇被宝条博士所杀。

    到了绝壁，原来宝条找了很多人植入Jenova细胞，制作了很多Sephiroth复制品，真正的Sephiroth沉睡冰封着，但利用意志操纵这些复制品，而Cloud也是复制品之一…Cloud根本记不起自己怎样成为一级战士，而当年到Nibelheim去的也不是自己，而是另一个人…失意的Cloud把手上的黑色Material交了给Sephiroth。

    几经辛苦终于在Mideel找到失去意识的Cloud。为了阻止Jenova，神兵也醒过来，神罗为了对付神兵而动用魔晃大炮，在大战中，Cloud和Tifa不幸被卷入而掉入生命泉中，Tifa在Cloud的意识中鼓励他找回自己，原来Nibelheim当时Cloud因为没有成为一级士兵而载着面具回村，所以Tifa当时根本不记得Cloud，在Sephiroth杀掉Zax和Tifa晕倒时，Cloud拼死对抗Sephiroth，却不幸跌入魔晃中，神智不清是因为受到魔晃影响而误把自己当成羡慕的对象Zax。

    Rufus使用魔晃大炮对付神兵的方法失败，另一方面，宝条在魔晃都市Midgar把魔晃能量供给Sephiroth，原来他才是Sephiroth的亲生父亲，为了研究不惜把怀有自己孩子的Lucrecia提供给Gast博士。

    众人到北方的太空洞去，Cloud最终能克服心魔，把Sephiroth打倒，而死去的Aerith也发动了神圣魔法的力量阻挡了陨石。