然而万历皇帝并不想把案情向郑贵妃方向发展，他一直保持沉默。到了五月二十六日，迫于外廷大臣的强大压力，他不得不表明态度，一方面说“梃击案”不仅“震惊皇太子”，而且“吓朕恐惧，身心不安”；另一方面仍然坚持给张冀定性为“疯癫奸徒，蓄谋叵测”。言外之意，这是一桩疯子闯宫的偶然事件，再三强调“毋得株连无辜”，希望此案不了了之。事情并不像皇帝想象的那么简单。看到王志、何士晋、张问达奏疏的官员，无不谴责外戚郑国泰有“专擅”之嫌；郑贵妃当然也难辞其咎，惶惶不可终日，哭诉于皇上。皇上要她去向皇太子表明心迹。

    朱常洛见事不可为，这些事并不足以扳到郑贵妃，另外对郑贵妃也有些恐惧，他不想把事情搞大，恳请父皇召见群臣，当众判明是非曲直，迅速了结此案。

    五月二十八日，司礼监掌印太监季恩传达皇帝谕旨，在宝宁门召见内阁辅臣、六部五府堂上官以及科道官(给事中、御史)。待文武百官陆续到来后，文书官又把他们引到慈宁宫门外，向慈圣皇太后灵一拜三叩头，礼毕后，退于阶前跪下。但见身穿白袍头白冠的皇帝坐在檐前左门柱边，皇太子身穿青袍头戴翼善冠侍立于父皇右边，皇孙、皇孙女四人一字儿雁行立于左阶下。

    皇帝开始说话了，他先从“圣母升遐”、他每天都要到慈宁宫来“行礼”谈起，然后话题一转，说：“昨忽有疯癫张差闯入东宫伤人，外廷有许多闲说。尔等谁无父子?乃欲离间我耶!”少顷，他当众宣布结论：“止将本内又名人犯张差、庞保、刘成，即时凌迟处死，其余不许波及无辜一人，以伤天和，以惊圣母神位。”

    首辅方从哲立即叩头承旨，说：“圣谕已明，人心已定，望皇上毋以此介怀。”

    方从哲回到内阁，遵照皇上刚才的叮嘱，草拟了一份谕旨呈上，皇帝稍作修改后立即发出：“谕三法司：……见监疯癫奸徒张差，即便会官决了。内官庞保、刘成着严提审明，拟罪具奏另处，其本内马三道等的系诬攀之人，斟酌拟罪来说。此外不许波及无辜，震惊圣母灵位。”

    五月二十九日，张差被凌迟处死。

    明面上的事虽然了结，可是暗流汹涌，锦衣卫中不乏江湖出身的人物，自然认得这位齐云庄的十三爷，于是万历下旨：“齐云庄张冀（张差）入东宫伤人，着应天中军都督府派兵剿之。”

    这样，万历终于拔掉了横在心头那根刺。

    随后，北七省总捕高捷、南六省总捕赵培德的带领下，整个六扇门向江湖人物发起扫荡，凡是与六扇门不合作的，一律拿下，一时间江湖上人心慌慌，可是没有像样的带头人物，所以没有遇到有效的抵抗。

    可是令高捷、赵培德等人一直不安心的是燕向东、王少君、叶涛、丁醉、陈越等人一直没有下落。派去湖北找王少君家人的人回报，他举家搬迁，不知道哪里去了。