美军占领莱特岛后，山下奉文将驻守吕宋岛的陆、海军28.7万人编成三个集团。以一个师团的兵力在林加延湾沿岸组织防御，以方面军主力15万人编成尚武集团，防守北吕宋地区；以第1挺进集团等部3万人编成建武集团守卫中吕宋克拉克以西地区；以第8师等部10万人编成振武集团，扼守南吕宋马尼拉以东地区。三个集团分别在三个地区构筑坚固防御据点，决心“独立抗战，永久抗成”，以持久防御，牵制和消耗美军。为此，卡车昼夜不停地出入于马尼拉，运送兵员、粮食、武器及其它物资转移到指定地点。

    山下奉文估计，美军在吕宋岛登陆的时间在1944年2月上旬，其主攻在仁牙因湾，辅攻在八打雁北端的阿帕里。此外，伞兵可能在八打雁中部河谷降落。但是山下奉文的战争设想是错误的，44年1月9日，美第6集团军20万人在吕宋岛西岸林加延湾登陆，打乱了山下奉文的防御部署。美军登陆后，在菲律宾人民抗日军配合下分别向日军尚武集团和马尼拉方向发展进攻。日军依托既设阵地抗击，迟滞美军进攻。1月底，美军攻占克拉克，进逼马尼拉。为尽快攻占马尼拉，美国第8集团军第11军和第11空降师分别在苏比克湾西北和马尼拉湾以南两个地段登陆，对马尼拉形成夹击态势。2月3日，美军开始进攻马尼拉。驻守马尼拉的日海军部队拼死抵抗，双方展开长达2个星期的巷战。2月18日，美军占领马尼拉，随后向吕宋岛西南和东南部进攻。日军建武集团和振武集团残部分别退入克拉克以西和马尼拉以东山区。与此同时，北进的美第1军用推土机在山地中为坦克和重炮开路，向据险顽抗的尚武集团发动进攻，随后美军进入卡加延河谷，打通阿帕里至碧瑶和圣何塞的道路。日军尚武集团退入深山，在美军包围下，供应断绝，疾病流行，病死或饿死甚众，但仍坚持抵抗。菲律宾一役至此也已成定局――美军凭借海空优势，采取集中兵力、中间突破战术给日军以毁灭性打击。

    占领菲律宾之后。美军四处派出部队给当地土著进行治疗，因为在占领菲律宾不久，美军就发现了日军在菲律宾土著民众当中故意散播病毒，已经引发了大规模的土著死亡，这给美军带来了不少的麻烦。幸好韩云华之前提醒的及时，美国早就准备了大量的药品，否则的话，山下奉文最后这一手还真有可能给美军造成巨大的伤亡。

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