几十亿年之后，史前时代到来，人类也开始慢慢诞生。从创世时代就开始存在的宝可梦变得越来越多，此时的宝可梦多半以史前形态存在着，比如化石盔，镰刀盔，化石翼龙。这些神奇宝贝在世界上生活了约两亿年。

    在其中一个平行世界中，终极武器强大的力量倾泻在了几颗特别的石头里，这就是a进化的开端。而在另一个平行世界中，卡洛斯地区的战争从一开始就没有发生，终极武器根本就没有制作。

    1000年之后，由于a进化石的影响，在丰缘地区，盖欧卡和固拉多从上古时代的沉睡中苏醒过来，并且为统治世界展开了战斗。后来在裂空座试图对盖欧卡和固拉多之间的战斗进行干预，这也导致了裂空座第一次的a进化之后的裂空座力量大增，终于平息了盖欧卡和固拉多之间的战斗。

    未完待续……

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